明朝政府决定出兵，援助朝鲜、驱逐“倭寇”。朝鲜军民在经历了一段时间的惊恐、溃败之后，也开始组织起对日军的抗击和骚扰。前后持续六年的朝鲜战争，由此开始。朝鲜将这场战争称为“壬辰倭乱”，因为万历二十年，是中国农历的“壬辰”年，朝鲜奉中国为正朔，用的是中国的纪年；日本人称之为“文禄·庆长之役”，因为此时是日本后阳成天皇文禄、庆长年间；明朝的中国人，则称之为“万历朝鲜之役”，因为发生在万历时期、发生在朝鲜。
虽然说决定了“援朝”，但当时明朝做出这一决策，是十分艰难的。艰难在哪里？艰难在敌友的情况不明朗。早在日军侵朝之前，就有在日本的福建籍华商许仪后、陈甲(有文献记为“陈申”)等人，通过各种途径，冒死向明廷传递信息，说朝鲜一面为中国属国，一面又向日本进贡，并且将在日本起兵侵犯中国时为其前驱(朝鲜《宣祖实录》卷27)。当时的日本，确实已经禁止琉球向中国进贡，又每每威胁朝鲜。而当时的朝鲜，一方面是明朝的属国，另一方面也一直想在辽东夺得一些好处，并且确实屈于日本方面的压力，暗通款曲。这方面的情况，若干年后，徐光启在奏疏中就述说了当年日本“引诱”朝鲜、朝鲜立场摇摆的状况：
